«Поминайте наставников ваших, которые проповедовали вам слово Божие, и, взирая на кончину их жизни, подражайте вере их» 

                                                                                      Евреям 13, 7

  Уже, будучи магистром в Эрфурте, Лютер не однократно размышлял над   собственной смертью. После он неоднократно считал возможным рано умереть либо вследствие какой-нибудь болезни, либо как мученик за дело реформации Церкви. Прежний страх перед собственной смертью и последующим за ней судом Божиим, истязавший его в юные годы, Мартин Лютер преодолел верою во Христа, Судию и Спасителя живых и мёртвых.  

   Незадолго до своей смерти 18-го февраля 1546 года реформатор принимал участие в примирении рассорившихся мансфельдских графов, для чего и прибыл в свой родной город Эйслебен. Здоровье не позволило ему принять участие в заключительных переговорах 17-го февраля, приведших к достижению мира и согласия. Во время ужина вечером того же дня Лютер и все сопровождавшие его беседовали и размышляли о том, узнáют ли спасённые друг друга в новой жизни. Для самого Лютера это никак не было праздной темой для разговора. 

Он серьёзно надеялся на то, что, как он cам говорил, обновлённые во Христе духовно узнáют друг друга лучше, нежели Адам узнал Еву в Эдемском раю.
После ужина около восьми вечера Лютер по своему обыкновению удалился для молитвы. Вскоре после этого возобновились боли в области груди как вероятный приступ стенокардии, известной в то время как грудная жаба. Поспешившие на помощь врачи графа Албрехра смогли достичь некоторого облегчения, после чего Лютер смог на час уснуть. Вечером в десять часов он проснулся и захотел перейти в свою спальню, где лёг на кровать со словами: «В Твою руку предаю дух мой; Ты избавил меня, Господи, Боже истины» (Пс. 30, 6). Всех присутствовавших при этом он просил молиться « о Евангелии блаженного Господа и Бога нашего, да будет ему успех, ибо папа и его собор в Тренто  люто ненавидят его».
В час ночи Лютер вновь проснулся от боли в груди. Теперь он уже был  уверен, что город его рождения и святого крещения будет и местом его кончины. Его укрыли тёплыми одеялами, чтобы согреть. Приступ внезапного жара Лютер расценил как предвестника своей смерти и стал усиленно молиться, благодаря Бога всякого утешения и Отца Господа и Спаса нашего Иисуса Христа за то, что Он открыл ему Сына Своего, « в Которого я верую, Которого возлюбил всем сердцем моим, Которого я благовествовал, исповедовал и прославлял, и Которого папа и все нечестивые ругают, хулят и ненавидят». Лютер вверил свою «бедную душеньку» в руки Божии. При этом он был твёрдо уверен, что смерть не вырвет его из руки Божией, о чём, говорил он, написано у святого Иоанна: «Ибо так возлюбил Бог мир, что отдал Сына Своего Единородного, дабы всякий, верующий в Него не погиб, но имел жизнь вечную» (от Иоанна 3, 16). Далее он твёрдо произнёс слова: «Бог для нас Бог во спасение; во власти Господа Вседержителя врата смерти» (Пс. 67, 21), а также: « Ныне отпускаешь раба Твоего, Владыко, по слову Твоему с миром, аминь» (от Луки 2, 29). После он вновь трижды повторил слова тридцатого псалма и умолк.
Присутствовавшие при этом Юстус Йонас и Михаил Кёлиус,  проповедник церкви замка Мансфельд, обратились к Лютеру: «Преподобный отче! Желаете ли Вы почить во имя Господа Иисуса Христа и исповедуете ли Вы пред лицом смерти всё, чему Вы учили, и что исповедовали во имя Его?». В ответ последовало твёрдое «Да». После этих слов реформатор погрузился в глубокий сон. Лицо его побледнело, а нос и ноги стали холодными. Без четверти три ночи реформатор Церкви Мартин Лютер предал свой дух в руки Господа Бога.
После смерти Лютера в его комнате нашли лист бумаги со словами, которые он написал за два дня до своей смерти, и которые  считаются его последними словами и духовным завещанием:
«Вергилия в его «Буколиках» и «Георгиках»  поймёт только лишь тот, кто в течение пяти лет был пастухом и крестьянином. Цицерона в его посланиях сможет, я думаю, понять лишь тот, кто не менее двадцати лет посвятил службе на благо выдающегося государства. Священные Писания же во сей их полноте  может вкусить только лишь тот, кто в течение ста лет вместе со святыми пророкам предстоял церквам. Не пытайся овладеть этой Божественной Энеидой, но в страхе, трепете и со всяким смирением поклоняйся её следам. МЫ НИЩИЕ, ИСТИННО».
Стоя на пороге вечности и подводя итог своей жизни, реформатор Церкви подписывается под последними словами, которые написала его собственная рука,  не своим именем, а почти самоуничтожающим «МЫ НИЩИЕ». При этом он совершенно не боится исчезнуть в небытии, потому что живёт и умирает не в себе или для себя, но всегда и только верою во слове Писания Того, Который животворит мёртвое и называет не существующее как существующее; Который создал нас, чтобы избавить и спасти нас от небытия; Который в Сыне обетует Царство Небесное именно нищим, и Который  словом Своего Писания овладевает нами, как горшечник глиной, и приготовляет из нас сосуды Своей благодати.  
Мартин Лютер был погребён в Виттнбергской замковой церкви 22-го февраля 1546 года. Проповедь по слову Писания (1-е Фессалоникийцам 4, 13-18) читал пастор и богослов Иоанн Бугенгаген. Филипп Меланхтон произнёс погребальную речь на латинском языке.
После поражения евангельских княжеских сословий в Шмалькальденской войне (1546-1547), которую кайзер Карт V вёл с целью не допустить появлению в империи «новой веры», глава рейха вошёл со своими войсками в Виттенберг. Представители римской курии требовали от кайзера эксгумировать тело «архиеретика» Лютера и развеять его прах по ветру. Но Карл V повелел не трогать гроб Лютера и выставил пред усыпальницей реформатора стражу.

Могила реформатора Церкви Мартина Лютера (1483-1546) в Виттенберге.